Comparative transcriptomic analysis reveals signatures of selection for orb-weaving behavior in spiders
该研究通过对 98 种蜘蛛的转录组进行对比分析，利用正选择、松弛选择及基因拷贝数变异等遗传信号，深入探讨了蜘蛛结网行为（特别是圆网）的进化起源及其背后的分子机制。
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evolutionary biology
451 篇论文
Mating Systems and Evolutionary Rescue
该研究通过个体基模型发现，交配系统通过调节有效种群大小和杂合度损失，在小种群中因加剧遗传漂变而增加灭绝风险，但在大种群中则能通过“优良基因”加速适应并促进进化救援，因此保护策略应充分考虑交配系统特征以制定有效的物种管理方案。
An abstract model of nonrandom, non-Lamarckian mutation in evolution using a multivariate estimation-of-distribution algorithm
本文提出了一种基于多变量分布估计算法的模拟模型，具体展示了既非随机也非拉马克式的突变机制，通过整合选择、重组及内部信息积累等要素，验证了相互作用进化（IBE）理论并深化了对进化与计算学习理论的理解。
A conserved enhancer cluster regulates efnb2 expression in the vertebrate dorsal retina
该研究利用四眼鱼等模式生物，鉴定出一个在脊椎动物中保守的增强子簇，该簇通过调控*efnb2*基因的表达决定背侧视网膜的轴向特征，且其对应的人类基因组区域与视网膜厚度存在显著关联。
Flexible Asexuality: Naturally occurring variation in mechanisms of parthenogenesis within lineages and individuals of a facultative parthenogen, Megacrania batesii
该研究通过实验杂交和遗传分析发现，在兼性孤雌生殖的竹节虫*Megacrania batesii*中，孤雌生殖机制存在显著的种内甚至个体内变异，这种机制的多样性导致了后代杂合度和遗传变异的巨大差异，从而可能影响孤雌生殖谱系的长期存续与进化。
Evolutionary persistence of a highly prevalent multicopy mitochondrial-derived nuclear insertion (Mega-NUMT) in Neotropical Drosophila flies
该研究利用长读长测序技术，首次在非猫非人物种中证实了“巨型核线粒体 DNA 插入”（Mega-NUMT）的存在，发现其以高频率稳定存在于热带果蝇（*Drosophila paulistorum*）的核基因组中，并推测其可能通过平衡选择在物种辐射前即已整合并长期维持。
Single cell sequencing during the entire life cycle reveals cell type diversity in Oikopleura dioica, and pools of genes expressed in the house-producing epithelium
本研究通过对尾索动物海樽（*Oikopleura dioica*）全生命周期进行单细胞测序，揭示了其细胞类型的多样性，并鉴定了负责产生滤食性“房屋”的特化上皮细胞及其关键调控基因，为理解该物种的分子创新与演化提供了重要资源。
Using herbarium genomics to understand the history of a global plant invasion
该研究利用 200 年间采集的 152 份标本进行基因组测序，揭示了日本 Knotweed（Reynoutria）入侵全球的起源、遗传多样性变化及杂交演化历史，证实了日本是其全球引入的源头，并阐明了其通过无性繁殖和特定杂交事件成功扩散的机制。
Mitonuclear interactions shape male cuticular hydrocarbon profiles with consequences on mating success
该研究利用果蝇嵌合核质杂交系证实，线粒体与核基因组的兼容性通过非加性相互作用显著重塑雄性表皮碳氢化合物谱，进而直接影响雌性的择偶偏好及雄性的交配成功率。
Regression of juvenile tentacles is driven by loss of cell proliferation in Haliclystus sanjuanensis, a cnidarian with limited metamorphosis
该研究通过对圣胡安岛柄水母（*Haliclystus sanjuanensis*）的分析发现，其幼体触手的退化与成体结构的发育是由细胞增殖能力的丧失与获得所驱动的，这种细胞增殖的持续投入机制不仅实现了临时幼体组织与长期成体组织的分离，还通过重演幼体发育程序来构建新的成体结构，从而为理解动物如何在缺乏完全变态的情况下多样化成体体型提供了关键机制。
Evolution of recombination suppression and sex determination on Y chromosomes of the plant genus Mercurialis
该研究通过多组学分析揭示了植物*Mercurialis annua*的Y染色体经历了至少两个阶段的重组抑制演化，形成了具有不同退化程度的嵌套进化层，并鉴定出APRR7为整个属中潜在的性别决定主基因。
Meso-structural domains, not aggregated networks, reveal the action of structural selection
该研究表明，结构选择仅在介观结构域（如二阶 ego 网络）中显现，揭示了在聚合网络分析中消失的进化梯度，其中层级不对称性是主导特征。
Bacterial ancestry of the mitochondrial ATP exporter
本研究通过蛋白质三级结构搜索与序列分析，发现细菌内膜转运蛋白 CysZ 和 YihY 与线粒体 ATP 载体（AAC）具有结构相似性及共同的 MCF 基序，从而证实了线粒体 ATP 出口蛋白的细菌起源，解决了这一长期悬而未决的进化难题。
Unilateral cross-feeding constrains adaptive evolution, even in the producer without direct fitness effects.
该研究通过 800 代的实验进化发现，单向交叉喂养（即消费者依赖生产者代谢废物）不仅导致消费者产生依赖性，还通过增强纯化选择显著限制了生产者（*Acinetobacter johnsonii*）和消费者（*Pseudomonas putida*）双方的适应性进化，表明即使在没有直接互惠收益的情况下，生态相互作用也能重塑适应度景观并约束进化轨迹。
Estimating Bayesian phylogenetic information content using geodesic distances
该论文提出了一种基于树空间测地线距离的新贝叶斯方法，通过比较先验与后验分布中系统发育树的相对方差来量化信息含量，并展示了其在评估数据冲突及处理模拟与实证案例中的有效性。
Endosymbiotic algal photosynthesis shapes diel transcriptome architecture in its ciliate host Paramecium bursaria
该研究发现，光合内共生藻类通过驱动宿主草履虫（*Paramecium bursaria*）的昼夜转录组重塑，在缺乏典型生物钟基因的情况下协调其运动、代谢等生理节律，且这一机制在独立进化出共生关系的另一物种中也存在，表明光合内共生体是宿主昼夜基因调控的关键组织者。
Bridgehead invasions of ambrosia beetles are structured by inbreeding and hybridisation
该研究通过基因组数据分析揭示，尽管持久近交的入侵小蠹虫种群（如*Euwallacea fornicatus*）在经历多次瓶颈效应后积累了有害突变，但后续入侵带来的杂交机会能通过清除固定有害突变来缓解近交衰退，从而加剧其全球扩散的生物安全威胁。
Population genomics reveal genetic variants associated with lunar-regulated spawning time in grass puffer
该研究通过种群基因组学分析发现，日本西部和东部草鳎（Takifugu alboplumbeus）种群在月球调控的产卵时间上存在地理差异，这种差异与自由运行昼夜节律周期的不同有关，并鉴定出候选基因 prrt1l 及其突变在缩短节律周期和调节产卵时间中起关键作用。
Limited genetic structure and high gene flow in Fasciola hepatica populations infecting ruminants in different geographic areas in the UK
该研究通过开发针对线粒体基因的高通量测序方法，发现英国不同地区感染反刍动物的肝片吸虫种群间存在显著的基因流动和有限的遗传结构，表明牲畜流动和寄生虫适应促进了基因交流。
Entangled adaptive landscapes facilitate the evolution of gene regulation by exaptation
该研究通过在大肠杆菌中构建并分析三个转录因子结合位点的完整适应性景观，首次提供了体内证据，证明新的基因调控位点可通过少量适应性突变以“前适应”方式演化而来，且这一过程因景观平滑而极易发生，并常伴随有益的转录串扰。